Z hľadiska početnosti, ako aj časovej a priestorovej distribúcie populácie, výskyt zimujúcich kormoránov v súčasnosti predstavuje vo viacerých oblastiach Slovenska neprirodzený a nežiadúci fenomén, keďže pôvodné spoločenstvá rýb nie sú na vplyv takéhoto rozsahu prispôsobené. Dochádza tak k neodhadnuteľnému dlhodobému dopadu na rybie populácie a potenciálne nepriamo aj na iné zložky fauny, vo viacerých prípadoch aj na zraniteľné a ohrozené druhy. Pôvodnosť kormorána veľkého pri súčasnej početnosti nemožno v žiadnom prípade vzťahovať na územia, kde je jeho vplyv najkritickejší, to znamená na celý stredný a horný tok Váhu a Hrona, na Turci, Kysuciach, Orave, ako aj na oblasť Ponitria. Osobitne v rámci manažmentu chránených území (rieka Orava, horný Váh) by mal byť tak výrazný alochtónny vplyv eliminovaný na minimum, a to bez ohľadu na to, aké veľké „hospodárske“ škody spôsobuje.

Akceptujeme nutnosť ochrany našej pôvodnej hniezdnej populácie kormorána veľkého ako prirodzenej súčasti našej fauny, za takúto však nemožno považovať početné migrujúce kŕdle (až 20-násobok stabilnej hniezdnej populácie) s jednoznačne inváznym charakterom výskytu. Zároveň nesúhlasíme ani s podporou hniezdenia kormoránov na umelo vybudovaných vodných plochách primárne určených na chov násadových rýb. Na týchto lokalitách by jeho prítomnosť mala byť zredukovaná na minimum. Navyše, na základe aktuálnych pozorovaní pôvodne zimujúce kolónie u nás zostávajú v čoraz väčšom počte počas celého roka, a tieto je potrebné odlišovať od vlastnej hniezdnej populácie.

Konkrétnymi preukaznými príkladmi negatívneho dopadu predácie kormoránov na ichtyocenózy našich tokov sú najmä výsledky z rieky Orava a z úseku rieky Váh od Kraľovian po vyrovnávaciu vodnú nádrž Bešeňová podložené ichtyologickými prieskumami ako aj evidenciou úlovkov športových rybárov. Aktuálne zistené hodnoty ichtyomasy na týchto lokalitách, kde sa kormorány vyskytujú v niekoľko sto členných kolóniách od roku 2000, výrazne zaostávajú za výsledkami z predchádzajúcich ichtyologických prieskumov, ale aj z iných riek podobného charakteru. V súlade so zisteniami viacerých štúdií zo zahraničia bola na oboch tokoch zaznamenaná predovšetkým výrazne znížená početnosť populácie lipňa tymiánového, ako najzraniteľnejšieho druhu, ako i pstruha potočného a tiež jalca a ostatných kaprovitých rýb, s čím koreluje aj štatistika úlovkov týchto druhov rýb za posledné roky na príslušných rybárskych revíroch. Zarybňovanie násadami lipňa a pstruha je pritom v posledných rokoch udržované na porovnateľnej miere. Na základe hrubého odhadu kormorány na uvedených úsekoch tokov každoročne skonzumujú až jednu tretinu celkovej ichtyomasy.

Popri antropogénnych zásahoch do vodných biotopov predstavuje predačný tlak kormoránov v súčasnosti jeden z hlavných vplyvov ohrozujúcich ichtyocenózy našich vôd a ako taký je nevyhnutné ho v dostatočnej miere eliminovať. Okrem priamej konzumácie rýb dochádza jeho pôsobením k závažným sekundárnym stratám vo vzťahu k prirodzenej reprodukcii rybích populácií (úhyn poškodených rýb, znížená reprodukčná schopnosť vplyvom stresu, redukcia genofondu), ktorá je už vplyvom ľudskej činnosti aj tak značne obmedzená. Táto skutočnosť je ešte umocnená faktom, že predáciou kormoránmi sú často najviac postihnuté práve zimujúce generačné stáda rýb pripravujúce sa na neres alebo ryby priamo na neresovom ťahu. Dôležitá je pritom nielen decimácia rybársky najviac využívaných druhov rýb, ale aj všetkých ostatných, keďže všetky sú na seba naviazané v rámci ustálených ekologických vzťahov, predovšetkým potravných.

Situáciu je potrebné riešiť akútne, čo je v súčasnosti možné jedine aktívnym obmedzením výskytu kormoránov na postihnutách lokalitách. Revitalizačné opatrenia samozrejme vo všeobecnosti predstavujú významný prínos pre kvalitu prírodných biotopov a ich ekologickú rovnováhu, vo vzťahu k riešeniu daného problému sú však výrazne dlhodobého charakteru (často prakticky nerealizovateľné) a ich účinnosť bez samotného zníženia početnosti kormoránov je veľmi otázna (v niektorých prípadoch dokázaný rovnako veľký úbytok rýb vplyvom kormorána v rámci regulovaných i prirodzených úsekov toku; kritická situácia aj na prírodne zachovanom úseku rieky Orava). Regulácie vodných tokov (zmena vodného režimu, vodné stavby, atď) nemožno všeobecne pokladať za primárnu príčinu súčasného výskytu zimujúcich kŕdľov, keďže tieto zásahy boli uskutočnené už dlhšiu dobu pred prvými hromadnými náletmi vtákov na našom území. Vysoká početnosť zimujúcich kormoránov na vnútrozemských vodách v rámci celej Európy je najmä výsledkom nadmerného rozvoja populácie tohto druhu v hniezdnych oblastiach v poslednom období.

Principiálne považujeme odďaľovanie ráznej regulácie početnosti kormorána, ako druhu s jednoznačne invazívnym charakterom výskytu v postihnutých oblastiach na našom území a často nepredvídateľným vplyvom (či už priamym alebo nepriamym) na populácie pôvodných druhov rýb, ako i iných živočíchov, za neopodstatnené. Uvedomujeme si, že problém treba riešiť v dlhodobom horizonte z globálneho hľadiska, t.zn. celoeurópsky zmeniť prístup k ochrane kormorána veľkého a začať regulovať rozvoj jeho hniezdnych populácií, na druhej strane je však potrebné lokálne zabezpečiť akútnu ochranu rybích spoločenstiev pred týmto predátorom.

Podľa nášho názoru je súčasnú situáciu možné účinne riešiť iba regulovaným odstrelom kormoránov, keďže bežné plašenie tak, aby bolo dlhodobo účinné, je neúnosne časovo a personálne náročné a teda prakticky nerealizovateľné. Skúsenosti navyše dokazujú, že tieto vtáky sa voči plašeniu stávajú veľmi prispôsobivé, čím sa ochrana rybárskych revírov stáva neefektívna. Plašenie v kombinácii s odstrelom sa už dlhšie využíva vo viacerých európskych krajinách, vrátane susedných štátov, pričom tento spôsob riešenia sa ukázal ako najúčinnejší pre aspoň čiastočnú ochranu rybárskych revírov. Účinnosť tohto prístupu bola potvrdená v lokálnom meradle aj na viacerých tokoch podmienkami porovnateľných s našimi. Účelom odstrelu má byť prinajmenšom účinné plašenie a tým aspoň čiastočné vytlačenie kormoránov mimo ohrozených oblastí, ako spôsob akútnej ochrany rýb, kým sa neprikročí ku globálnemu celoeurópskemu manažmentu a neprejavia sa výsledky v rámci neho prijatých opatrení.

Postoj Spoločnosti pre ochranu vtáctva na Slovensku považujeme za silno jednostranný, nadradzujúci ochranu jedného živočíšneho druhu nad inými, často reálne ohrozenými. Okrem faktu, že predácia kormoránom spôsobuje priamu ujmu členom Slovenského rybárskeho zväzu v podobe nižších úlovkov, vznikajú jej pôsobením potenciálne škody na genofonde voľne žijúcich populácií rýb, čo vedie k znižovaniu kvality prírodných biotopov. Je dôležité si uvedomiť, že už vyše polstoročia u nás existuje systém rybárskeho obhospodarovania garantovaný zákonom, ktorého správne fungovanie je momentálne v priamom konflikte s vplyvom zimujúcich populácii kormoránov. Zarybňovanie na základe zarybňovacích plánov schválených Ministerstvom životného prostredia SR je jedným z nástrojov, ktoré majú zabezpečiť priaznivý stav ichtyocenóz v našich revíroch a tým potrebnú kvalitu vodného prostredia pri ich súčasnom rybárskom využití. V prípade neúmerného predačného tlaku zimujúcich kormoránov tak ide popri finančných stratách vo vzťahu k umelému zarybňovaniu najmä o ekologickú ujmu v podobe poškodzovania prírodných biotopov.